Kontroler nie rozpoczął jednak pracy, a wręczył jedynie pismo, w którym ministerstwo domaga się m.in. wydania listy wykazu dokumentów złożonych w toku procesu licencyjnego przez Cracovię oraz ŁKS. PZPN szybko zareagował pismem skierowanym do ministerstwa, w którym kwestionowana jest legalność wszczętego postępowania kontrolnego. Jak napisano w komunikacie przekazanym przez PZPN "pełnomocnik związku, adwokat dr Marcin Wojcieszak, zwrócił się o wskazanie i wyjaśnienie podstaw prawnych prowadzonych czynności kontrolnych, powołując się na fakt, że proces przyznawania licencji podlega - na wniosek zainteresowanej strony - kontroli sądowej (przez Wojewódzki Sąd Administracyjny), a nie ministra sportu, o czym wyraźnie stanowią przepisy ustawy o sporcie kwalifikowanym (art.6 ust.7)". "Dlatego też nie jest racjonalnym utrzymywanie, że ta sama aktywność polskiego związku sportowego podlega kontroli wykonywanej równolegle przez sądownictwo administracyjne oraz Ministra Sportu. Ponadto czynności kontrolne prowadzone równolegle przez organ sądowy oraz administracji mogłyby doprowadzić do sprzecznych ustaleń" - wyjaśnia dalej komunikat. Dopiero uzyskane przez ministerstwo wyjaśnienia będą stanowiły dla PZPN podstawę do zwrócenia się do wskazanych przez ministra Drzewieckiego klubów o wyrażenie zgody na ujawnienie dokumentacji zebranej w toku postępowania licencyjnego oraz poinformowania UEFA o zaistniałej sytuacji. Jak już wcześniej zaznaczył rzecznik prasowy PZPN Jakub Kwiatkowski "nie możemy udostępnić tych dokumentów, ponieważ są one poufne, a zasady dostępu do nich określa podręcznik licencyjny UEFA. Jedynym organem upoważnionym do ich otrzymania jest sąd. Wystąpimy do klubów z pytaniem o zgodę na ich udostępnienie, ale później taką możliwość musi jeszcze zaakceptować UEFA". PZPN czeka również na upoważnienie dla kontrolujących wystawione przez ministerstwo, które uprawniałaby do kontroli procesu przyznawania licencji dla klubów, które jej nie otrzymały (ŁKS Łódź). "Z treści przedłożonego dotychczas dokumentu wynika, że przedstawiciele ministerstwa sportu uprawnieni mają być do prowadzenia czynności kontrolnych +...procesu licencyjnego wybranych klubów najwyższej klasy rozgrywkowej w sezonie 2009/2010+. Tymczasem ŁKS S.S.A. do tej grupy nie należy, gdyż nie bierze udziału w rozgrywkach ekstraklasy w sezonie 2009/2010" - przeczytać można w komunikacie PZPN. 28 maja Komisja Odwoławcza ds. Licencji PZPN negatywnie oceniła wniosek licencyjny ŁKS i nie przyznała klubowi prawa do gry w ekstraklasie w sezonie 2009/2010. Uznano, że nie złożono w terminie wszystkich wymaganych dokumentów. Łodzianie złożyli skargę do WSA, który ma ją rozpatrzyć 12 sierpnia. Jednocześnie łódzki klub zwrócił uwagę na rzekome nieprawidłowości przy przyznawaniu licencji Cracovii. Kontrola PZPN zarządzona 31 lipca przez ministra sportu Mirosława Drzewieckiego jest efektem m.in. negatywnego zakończenia piątkowej mediacji pomiędzy związkiem i ŁKS, któremu nie przyznano licencji na występy w ekstraklasie.