59-letni Chilijczyk szkoleniowcem Malagi został w listopadzie 2010 roku. Pod jego wodzą założony w 1948 roku klub odniósł największe sukcesy w swojej historii. Sezon 2011/12 Malaga ukończyła w Primera Division na czwartym miejscu, dzięki czemu zagrała w Lidze Mistrzów. Odpadła dopiero w ćwierćfinale, w którym musiała uznać wyższość Borussii Dortmund. Popularności Pellegriniego nie zaszkodziła nawet jego decyzja o odejściu. Prawdopodobnie zostanie trenerem Manchesteru City.